Horizontální přenos genů antibiotické rezistence u sladkovodních bakterií: Jak textilní vlákna ovlivňují dynamiku

Sladkovodní jezera a nádrže, ať už přírodní, nebo uměle vytvořené, jsou vystaveny rostoucímu znečištění antropogenními látkami, zejména textilními vlákny. Bakteriální společenstva jsou trvale ovlivňována změnami podmínek prostředí vyvolanými antropogenním vlivem. Přesto existuje značný nedostatek v pochopení mechanismů, jimiž se řídí tvorba bakteriálních biofilmů na textilních vláknech, které slouží jako příznivé prostředí pro HGT události, což potenciálně podporuje šíření rezistence bakteriálních populací vůči antibiotikům. Kromě toho je nedostatek poznatků o adaptacích původních mikrobiálních společenstev na rostoucí výskyt syntetických vláknitých materiálů ve sladkovodních ekosystémech. Tyto zdůrazněné obavy vyžadují důkladné zkoumání a pochopení. Proto využijeme současné metagenomické a bioinformatické přístupy spolu s průtokovou cytometrií (FACS) k důkladnému prozkoumání HGT u sladkovodních bakterií na textilních vláknech. Kromě toho, protože v datech cíleného a shotgun sekvenování chybí informace o vazbách, je naším cílem přiřadit plazmidy a ARG k hostitelským buňkám pomocí metody in vivo proximity-ligation Hi-C, kterou lze provést přímo z čerstvých vzorků, bez nutnosti kultivace nebo extrakce vysokomolekulární DNA. Tento přístup je nový, ale otevírá nové obzory v pochopení ekologie bakterioplanktonu.